腸壁には栄養素と反応する酵素があり、その酵素が存在する部位で反応が起こり、栄養素が吸収されます。栄養素が主に吸収されるのは小腸（十二指腸、空腸、回腸）ですが、大腸ではビタミンＢ₂、ビタミンＢ₆、パントテン酸、葉酸、ナイアシン、ビオチン、ビタミンＫが合成され、それらは大腸壁からも吸収されています。
小腸にはブドウ糖を吸収するために作用する酵素があるのですが、この酵素と結びつくことによって酵素の働きを抑えられると、ブドウ糖の吸収量が抑えられます。その作用をするのがギムネマ酸で、この成分はサプリメント素材のギムネマ・シスベスタに含まれています。
栄養素は、それぞれの種類によって吸収率が異なっています。一般にビタミンの吸収率は６０～９０％で、ミネラルよりも吸収されやすい特徴があります。
カルシウムの吸収率は乳製品で約５０％、動物性食品で約３０％、植物性食品で約２０％とされます。サプリメントでも一般には約３０％とされますが、カルシウムは胃の中でイオン化してから吸収されるため、胃液が濃い状態の空腹時に摂ることで吸収率を保つことができます。カルシウムはビタミンⅮとともに摂取することで５～１０％ほど吸収率が高まります。また、カルシウムはリンやシュウ酸とともに摂ると結合したものは排出されるので吸収率が低下します。カルシウムは、植物性ツイントース（オリゴ糖の一種）とともに摂取することで吸収率が約１.４倍に高まることが確かめられています。
鉄の吸収率は動物性食品に含まれるヘム鉄では１５～２５％、植物性食品に含まれる非ヘム鉄では２～５％と大きな差があります。鉄はビタミンＣとともに摂取することで吸収率が約３倍も高まります。鉄はお茶に含まれるタンニンと結びつくと吸収率が低下します。亜鉛の吸収率は約２０～３０％ですが、ビタミンＣとともに摂取すると吸収率が５０％ほど高まるといわれます。
脂溶性ビタミン（ビタミンＡ、ビタミンⅮ、ビタミンＥ、ビタミンＫ）は、脂質に溶けることで吸収されるので、吸収のためには脂肪が含まれた食品とともに摂取しなければならないという特徴があります。