腸内には１０００種類以上、約１０００兆個もの腸内細菌が棲息しているとされます。腸内細菌は善玉菌、悪玉菌、日和見菌に大きく分けられます。そのバランスによって腸内環境が変化しますが、善玉菌が増えることによって便通や体調がよくなるだけでなく、認知機能が高まることが確認されています。
６０歳以降になると日和見菌のバクテロイデテス門が増えていきます。日和見菌は普段は腸内環境に影響を与えるものではないものの、悪玉菌が増えると日和見菌は悪玉菌と同様の働きをするようになります。
腸内細菌とアルツハイマー型認知症の関係を調べた論文（２０１７年：アメリカ・ウィスコンシン公衆衛生医科大学）によって、アルツハイマー病の人はフィルミキュテス門とアクチノバクテリア門の細菌が減るのに対して、バクテロイデテス門の細菌はアルツハイマー病では増えていることが確認されています。アルツハイマー病では脳細胞にアミロイドβなどのタンパク質が増えていくことが知られていますが、バクテロイデテス門の細菌が多い人ほどアミロイドβが増えている相関性が認められています。
細菌は単細胞という一つの細胞で、栄養源となるものを取り込み、細胞内で代謝を起こし、その代謝物を排出します。その働きは腸内細菌も同様で、健康に役立つ代謝物を排出するものが善玉菌と呼ばれ、健康の妨げになる代謝物を排出するものが悪玉菌と呼ばれます。善玉菌は腸内の発酵を進めて、酸性物質を排出して腸内を酸性化させるとともに、便を柔らかくして、便の量を増やす働きがあります。それに対して悪玉菌は腸内の腐敗を進めて、アルカリ性物質を排出して腸内の酸性度を下げるとともに、便を固くして、便の量を減らす働きがあります。