腸内細菌というと一般には善玉菌と悪玉菌に大きく２つに分けて語られることが多いのですが、実際には３つに分類されています。善玉菌は人間にとってよい成分を作り出すビフィズス菌や乳酸菌など、悪玉菌は人間にとってよくないものを作り出すウェルシュ菌、ブドウ球菌、大腸菌などで、第三の存在としては日和見菌があげられます。日和見菌は普段はおとなしくしているものの、身体が弱ったり、悪玉菌が増えてきたときには悪い働きをする菌で、バクテロイデス、連鎖球菌などがあげられます。
日和見菌は腸内細菌の７０％ほどを占めていて、これに対して善玉菌が２０％、悪玉菌が１０％くらいの割合の状態で、最もよい腸内環境となります。健康な状態では悪玉菌が１０％でしかないのに、体調を崩したときには日和見菌は悪玉菌と同じようになるということは、全体の８０％もが悪玉菌というような状態になってしまうということです。
体調を崩さなくても、悪玉菌が増えるような状況になると、日和見菌を味方につけて、一気に悪玉菌連合が増えてしまうので、善玉菌の優勢性が失われてしまいます。善玉菌の優勢性というのは、善玉菌の発酵によって作り出された酸性成分が腸内を酸性傾向に保つことです。善玉菌は酸性傾向の腸内で活性して増殖します。これに対して、悪玉菌は酸性度が低い腸内で活性化して増殖します。ということは、善玉菌が増えるほど善玉菌が増えやすい環境になり、どんどん腸の状態がよくなっていくということです。
善玉菌が減ると腸内の酸性度が下がり、悪玉菌が増えやすくなり、日和見菌を巻き込んで、どんどんと悪玉菌が増えやすい環境になってしまうということです。悪玉菌が増えると、腸内では腐敗が起こるように、毒素とも呼ばれる有害物質が発生します。悪玉菌が増えて便通が悪くなると、ガスが出やすくなるのは腐敗した結果であり、悪臭も腐敗の結果です。大腸では水分を吸収して、便を適度な量、適度な硬さにしていきますが、大腸が水分を吸い上げるときに小さなサイズの有害物質は大腸壁を通過して、血液中に入ります。
この有害物質は健康維持のためには処理しなければならないもので、その処理のために全身をパトロールしている免疫細胞の白血球が集まってきます。集まって処理をしているときには、他のところが手薄になるわけで、そのために全身の免疫が低下することになるというわけです。