ＮＰＯ法人（特定非営利活動法人）も一般社団法人も利益を構成員に分配しない非営利型法人です。そのために、同じようなものだと考えて、詳しい違いを知らないまま設立をしようする人もいます。

しかし、絶対的な違いがあります。法人の形態や設立・運営の手続き、費用などによる違いだと勘違いしたために、目的とした活動ができなくなることもあります。

ＮＰＯ法人は福祉や環境など法律（特定非営利活動促進法）で定められた特定分野の公益活動を行う法人であるのに対して、一般社団法人は活動内容に制限がなく、自由に事業を行うことができます。

ＮＰＯ法人は、所轄庁（都道府県）や指定市の所轄で、法人の内容や活動など行政によるチェックを受けることから公益性が高く、社会的な信用が得やすくなっています。

その信用の裏付けとして、毎年の事業報告書などを所管庁に提出する義務があり、その内容は公開されます。運営の内容や決算内容の一般公告がルールとなっています。

これに対して、一般社団法人は法律に違反しなければ、どのような事業でも自由に行うことができます。設立の条件も２人以上の社員がいれば、登記をするだけで設立することが可能です。

自由度が高いことから、一般的な会社組織（株式会社、合同会社）に近い運営が可能で、情報公開についても一般公開の決算公告のルールはありません。

ＮＰＯ法人は、法人内で活動を完結させる必要があり、会社組織にように親会社と子会社の関係や、活動に欠けている部分があっても他の法人などによって埋め合わせるといったことはできません。
〔小林正人〕