ＮＰＯ法人と認定ＮＰＯ法人の一番の違いは、寄附者への税制上の優遇措置があるかどうかです。

ＮＰＯ法人の場合には個人の寄附控除は対象外で、法人の寄附優遇は一般の損金限度額の範囲で認められています。

ＮＰＯ法人には、株式会社などの法人が業務委託として資金を出すことがあり、それは業務委託をした法人が経費とすることで収益の中から減らすことができます。

それを活用するためには、定款に書かれている事業活動と委託を受けた業務とが一致していることが必要となります。

これに対して、認定ＮＰＯ法人の場合には、個人の寄附控除は税額控除または所得控除を選んで確定申告をすることができます。税額控除の場合には、寄附額から２０００円を引いた額の４０％が総所得金から差し引かれて、所得税が戻ることになります。

法人の寄附優遇は、一般の寄附金とは別に、特別損金算入限度額の枠内で経費（損金）に算入することができます。

こういった寄附優遇を受けるためには確定申告が必要で、認定ＮＰＯ法人が発行する寄附金の領収証や税額控除に係る証明書の写しの添付または提示が必要です。

また、認定ＮＰＯ法人にかかる税金は、みなし寄附金制度で、法人税の負担軽減が認められています。
〔小林正人〕