フルーツは甘みが強いために酸味を強く感じないものの、フルーツにはクエン酸、リンゴ酸などの有機酸が多く、酸度が高く、腸内の酸性度を高めていく作用があります。近年は若者が酸味を嫌う傾向にあり、品種改良によって甘味が強いフルーツが開発されています。
フルーツの糖分は善玉菌を増やすように作用しています。というのは、善玉菌の主な栄養源（エサ）となるのは糖質と乳製品に含まれる乳酸で、糖質が多いほうが善玉菌は増えやすいからです。また、食物繊維も善玉菌の栄養源になっています。食物繊維は消化も吸収もされないものですが、大腸内では腸内細菌によって食物繊維が分解されて、腸内細菌の栄養源になっています。悪玉菌を増やす主な栄養源は動物性たんぱく質と脂肪となっています。
現在の食事は、動物性たんぱく質と脂肪が多いので、どうしても悪玉菌を増やしやすい腸内環境になっています。フルーツには食物繊維が多く含まれていることから、フルーツを多く摂ることが、善玉菌を増やし、悪玉菌を減らすことになります。
善玉菌は腸内での発酵を進めているのに対して、悪玉菌は腸内での腐敗を進め、アンモニアや硫化水素、スカトール、インドールといった有害物質を作り出しています。これらの有害物質は便を黒くして、臭いを強くするだけでなく、発生した有害物質は大腸壁を刺激するとともに大腸壁から吸収されて血液中に入っていきます。血液中に入った有害物質は、肝臓に運ばれて処理されるわけですが、その処理されるときに肝臓の中で活性酸素が多量に発生します。腸内での活性酸素の発生量が多くなると腸の機能が低下するために、善玉菌が増えにくくなり、悪玉菌が増えやすくなっていきます。余計に発生した活性酸素を消去することは、腸内環境を整える結果となるわけです。