飲食したものを分解して吸収される形にする消化は胃で行われ、腸で吸収されるのが一般的な印象ですが、消化は小腸と大腸でも行われています。小腸では小腸液のほか、膵臓からの膵液、肝臓からの胆汁と混じり合い、小腸でも消化は続いています。消化された粥状液から栄養素が吸収され、残りが大腸に運ばれていきます。
胃で分泌されるのは糖質とたんぱく質の消化液だけで、完全に消化されるまでに糖質（主食：ご飯、パン、麺類など）は約２時間、たんぱく質は約４時間かかります。
胃と小腸（空腸）をつなぐ十二指腸からは胆汁が分泌され、脂肪が消化されます。
消化腺から分泌される消化液は、器官によって異なり、それぞれが複合的に作用して分解されています。口の中（口腔）では、唾液腺から分泌される消化酵素の唾液アミラーゼによって、デンプンやグリコーゲンが単糖のグルコース、二糖類のマルトース（グルコースが２分子結合）、オリゴ糖（複数の単糖類が結合）に分解されます。そして、膵臓から分泌される膵アミラーゼによってデンプンが二糖類のマルトース（麦芽糖）に分解されます。マルトースを単糖のグルコース（ブドウ糖）まで分解する消化酵素のマルターゼは小腸壁にあり、小腸内で最終的に分解されます。
胃では、胃底線から分泌される消化酵素のペプシンによって、たんぱく質がペプトンに分解されます。ペプトンは複数のアミノ酸が結合したオリゴペプチドやポリペプチドの状態になったものです。ペプトンは膵臓から分泌される消化酵素のトリプシン、キモトリプシンによって、より細かく分解され、小腸から分泌される消化酵素のエレプシンによってアミノ酸まで分解されます。
胃の胃底線からは脂肪の分解酵素の膵リパーゼが分泌されますが、膵リパーゼが働くためには脂肪の乳化が必要で、そのためには十二指腸から分泌される胆汁が必要になります。つまり、脂肪は十二指腸で分解されることになります。そのこともあって、脂肪が分解されるまでには約６時間もかかっています。糖質の多い食事では短時間で空腹を感じやすく、脂肪が含まれた食事をすると空腹を感じにくく、腹持ちがよい状態になるのは、こういった仕組みがあるからです。小腸の空腸から分泌される分解酵素のリパーゼは脂肪（中性脂肪）を脂肪酸とグリセロールに分解されます。また、空腸でもリパーゼが分泌されますが、このほかに空腸ではオリゴペプチドをアミノ酸に分解するエレプシンなどが分泌されます。つまり、脂肪の分解は十二指腸と空腸で行われているわけです。