腸の中には１０００種類以上、約１０００兆個もの腸内細菌が棲みついていて、その重量は１～１.５kgにもなります。これらの腸内細菌の多くは回腸から大腸に存在しています。腸内細菌は善玉菌、悪玉菌、腸内の環境によって善玉菌にも悪玉菌の働きをする日和見菌に大きく分けられています。バランスがよい腸内環境では「善玉菌２０％：悪玉菌１０％：日和見菌７０％」の割合になっているといいます。
善玉菌はビフィズス菌やフェカリス菌、乳酸桿菌などの乳酸菌類が代表的なものとなっています。悪玉菌はウェルシュ菌や大腸菌、腸球菌、赤痢菌など数多くの種類があります。
腸内細菌の種類と数については、１００種類以上、約１００兆個と言われていた時代があり、続いて３００種類以上、約３００兆個と言われ、現在では１０００種類以上、約１０００兆個となっています。これは日本人の腸内細菌の数が増えたわけではなく、研究が進むにつれて種類と数が確認されるようになったからです。
実際に腸内で生きている状態の腸内細菌が数えられているわけではないのですが、腸内細菌の総数はほぼ決まっています。そして、善玉菌が増えると悪玉菌が減り、逆に悪玉菌が増えると善玉菌が減っていくという関係になっています。善玉菌は発酵を進めて腸内の酸性傾向を強めていきますが、悪玉菌は酸性の環境に弱く、アルカリ性の環境には強いので善玉菌が多くなるほど悪玉菌は減っていきます。逆に悪玉菌が増えてアルカリ性の環境に傾くと善玉菌が減っていくようになります。