腸内の環境はトイレで、自分の目で確かめることができます。善玉菌が多い人は腸内での発酵が進むために、便の色は黄色くなり、臭いも弱くなります。また、便の量も増えて、便も軟らかくなります。それに対して悪玉菌は腸内での腐敗を進め、アンモニアや硫化水素、スカトール、インドールといった有害物質を多く作り出します。便の色が黒く、臭いが強く、便の量も少なく、便が硬くなります。また、悪玉菌が多いと便秘や下痢を起こしやすくなっていきます。
善玉菌が増えて酸性度が高い環境になると、日和見菌も善玉菌に変化していき、悪玉菌が減るため、さらに善玉菌が優位になっていきます。逆に、悪玉菌が増えてアルカリ性傾向の環境になると、日和見菌も悪玉菌の役割をするようになり、善玉菌が減るので悪玉菌が優位になっていきます。
腸内環境によって善玉菌の働きにも悪玉菌の働きにも変化する日和見菌は腸内細菌の約７割を占めています。ということは、善玉菌が優勢になると日和見菌が善玉菌の役割をすることになり、多くが善玉菌と同じような状態になっていきます。その逆に、悪玉菌が優勢になると日和見菌が悪玉菌の役割をするようになって多くが悪玉菌というような状態になるので、善玉菌を増やすことが非常に重要になります。
赤ちゃんは善玉菌が非常に多くなっているものの、離乳期を過ぎると悪玉菌が増えていきます。特に増えるのは悪玉菌の代表であるウェルシュ菌で、これは中高年から老年にかけて大きく増えていきます。その一方で、善玉菌の代表であるビフィズス菌は減っていって、悪玉菌が優勢になっていきます。その理由としては、加齢による腸内の酸性度の低下が大きいからだと考えられています。
若いときには胃液と十二指腸での腸液の分泌が盛んになっていますが、年齢につれて徐々に分泌量が減っていきます。胃液と腸液は強酸性で、分泌量が多いと胃と腸の中は酸性に保たれています。善玉菌は酸性の環境に強く、悪玉菌は酸性では活動が弱まっていきます。腸液は小腸下部では薄まっていくため、そこから大腸にかけては悪玉菌が増殖するようになっているわけです。