機能性表示食品は、健康食品の機能性を表示して販売できる制度によって定められたものです。表示される機能を国が審査を行った上で個別に評価されたものではありません。個別に評価される制度があるのは特定保健用食品（トクホ）で、機能性表示食品は一定の科学的根拠を示して消費者庁に届け出ることで認められるものです。

機能性表示食品は、届け出された段階では機能を表示して販売することが許可される状態であっても、表示の裏付けとなる科学的根拠が変わるなどして、合理性を欠くと認められる場合もあることから、その表示が事後チェックにおいて問題となる場合もあります。

機能性表示食品の科学的根拠に関する考え方は、「機能性表示食品の届出等に関するガイドライン」によって食品表示基準の考え方が示されていますが、このほかに「健康食品に関する景品表示法及び健康増進法上の留意事項について」、「機能性表示食品に対する食品表示等関連法令に基づく事後的規制（事後チェック）の透明性の確保等に関する指針」が示されています。

ガイドラインにおいては、機能性表示食品の科学的根拠とすることができない旨が明示されている事項がある一方で、「適切に」などのように、その内容が具体的に示されていない事項もあります。こうした事項については、「機能性表示食品に対する食品表示等関連法令に基づく事後的規制（事後チェック）の透明性の確保等に関する指針」において適否の境界となる水準を一律に示すことは困難だと考えられています。

そこで、科学的根拠として明らかに適切とは考えられない具体例などが例示されています。

例えば、機能性食品は疾病に罹患していない人を対象としていますが、科学的根拠のための論文の一部に疾病に罹患している人がいる場合には、適切な層別解析がなされていないので除外されていないと扱われています。

機能性成分の有効性の試験では、プラセボ（偽薬）を摂取する対照群との比較が必要ですが、対照群として適切な参加者が割り付けられていない場合も適切な試験結果ではないと扱われます。

また、機能性表示食品は日本人を対象としたものであって、日本人以外で試験がされた場合や日本人と外国人が混ざった状態の試験結果も除外されています。