大豆を発酵させて納豆を作る酵素で、納豆のネバネバ成分にのみ含まれます。血液の凝固を抑え、血栓を溶かす作用があるとともに血圧低下、血糖値低下、中性脂肪低下などの作用があります。納豆に多く含まれるビタミンＫ（Ｋ₂）にはワルファリンの抗凝結作用を抑制する作用がありますが、ナットウキナーゼにはビタミンＫは含まれません。