腸内細菌のうち身体に悪い影響を及ぼすものを指しています。ウェルシュ菌、ブドウ球菌、大腸菌、緑膿菌などが代表的なものです。悪玉菌が多くなると腸内での腐敗が進み、腸内環境がアルカリ性化していきます。アルカリ性化した腸内環境では悪玉菌が増えやすくなり、善玉菌は増えにくくなるため、善玉菌が減っていきます。悪玉菌がアンモニアやインドール、スカトールなどの有害物質を作り出すと、これらが腸壁を刺激して大腸がんなどを引き起こすとされています。悪玉菌が作り出す有害物質は腐敗によって強い臭いを発生させるので、便臭が強いと悪玉菌が多くなっていると判断されます。悪玉菌も消化を進め、ビタミンの一部を作り出すなどの有益な働きをしているので、少しは必要となっています。悪玉菌が多くなると、便が黒くなり、臭いが強くなり、便量が減り、便通が悪くなるため、トイレで腸内の変化を確かめることができます。また、有害物質は大腸壁から吸収されて血液中に入り、全身を回って、皮膚などに影響を及ぼすので、これによっても腸内の状態を知ることができます。
〔参照〕善玉菌、腸内細菌、腸内フローラ