消化酵素によって分解されないためにエネルギー源とはならず、大腸内でビフィズス菌などの善玉菌の栄養源になる難消化性の糖です。オリゴは「少ない」の意味で、最小単位の単糖が２～２０個、鎖状に結合した構造をしています。代表的なオリゴ糖にはフラクトオリゴ糖（アスパラガス、ニンニクなど）、大豆オリゴ糖、ガラクトオリゴ糖（母乳や牛の初乳）、キシロオリゴ糖（食物繊維を発酵させた難消化性オリゴ糖）などがあります。腸内細菌の善玉菌の代表であるビフィズス菌の増殖のほか、便秘や下痢の改善、たんぱく質の消化吸収の促進、ミネラルの吸収の促進、脂質代謝の改善などの作用があります。オリゴ糖の両端がつながった環状オリゴ糖は機能性に優れたシクロデキストロンとしてサプリメントの有効性を高める作用が認められています。