腸内には１０００種類以上、約１０００兆個もの腸内細菌が棲みついていて、その重量は１～１.５kgにもなります。腸内細菌は善玉菌、悪玉菌、日和見菌に大きく分けられています。日和見菌は腸内の環境によって善玉菌の働きも悪玉菌の働きもします。バランスがよい腸内環境では「善玉菌２０％：悪玉菌１０％：日和見菌７０％」の割合になっているといいます。
善玉菌も悪玉菌も細菌の一種であり、エサとなる栄養源を取り込んで、内部で代謝させてエネルギーを作り出しています。そのエネルギーによって活動して、増殖もしていると同時に、代謝物を外部に排出しています。この代謝物が善玉菌と悪玉菌では違っていて、善玉菌は酸性物質を作り出し、悪玉菌はアルカリ性物質を作り出しています。つまり、善玉菌が増えて酸性物質が多く排出されれば腸内は酸性傾向になり、悪玉菌が増えてアルカリ性物質が多く排出されれば腸内は酸性傾向が弱まり、アルカリ性傾向に近づいていきます。
善玉菌はビフィズス菌やフェカリス菌、乳酸桿菌などの乳酸菌類が代表的なものとなっています。悪玉菌はウェルシュ菌や大腸菌、腸球菌、赤痢菌など数多くの種類があります。
腸内細菌の種類と数については、１００種類以上、約１００兆個と言われていた時代があり、続いて３００種類以上、約３００兆個と言われ、今では１０００種類以上、約１０００兆個となっています。これは日本人の腸内細菌の数が増えたからではなく、研究が進むにつれて種類と数が確認されるようになったからです。
実際に腸内で生きている状態の腸内細菌の数を数えて確認しているわけではないものの、腸内細菌の総数はほぼ決まっています。そして、善玉菌が増えると悪玉菌が減り、逆に悪玉菌が増えると善玉菌が減っていくようになっています。善玉菌は発酵を進めて腸内の酸性傾向を強めていきますが、悪玉菌は酸性の環境に弱く、アルカリ性の環境には強いために善玉菌が多くなるほど悪玉菌は減っていきます。逆に悪玉菌が増えてアルカリ性の環境に傾くと善玉菌が減っていくようになります。
腸内の状態はトイレで、自分で確かめることができます。善玉菌が多い人は腸内での発酵が進むために、便の色は黄色くなり、臭いも弱くなります。また、便の量も増えて、便も軟らかくなります。それに対して悪玉菌は腸内での腐敗を進め、アンモニアや硫化水素、スカトール、インドールといった有害物質を多く作り出します。便の色が黒く、臭いが強く、便の量も少なく、便が硬くなります。また、悪玉菌が多いと便秘や下痢を起こしやすくなります。