腸内細菌の善玉菌は乳酸菌の仲間なので、乳酸菌によって発酵させたヨーグルトを食べれば腸内の善玉菌が増えるという発想をしがちです。しかし、ヨーグルトだけでは期待するほど善玉菌は増えてくれません。乳酸菌は主に小腸で活躍する菌で、腸内環境を整えるために重要な大腸で活躍するのはビフィズス菌などです。そのためにビフィズス菌が加えられたヨーグルトが人気となっています。
腸内細菌は腸内に生息している細菌で、３００種類以上、１０００兆個ほどが棲み着いているとされます。以前は１００種類以上、約１００兆個と言われていましたが、研究が進むにつれて数が増えてきました。
腸内細菌の総量は１.５〜２kgになります。腸内細菌は善玉菌、悪玉菌、日和見（ひよりみ）菌に大きく分けられ、その割合は腸内環境がよい人の場合には善玉菌２０％、悪玉菌１０％、日和見菌７０％とされています。日和見菌は善玉菌が増えると善玉菌の味方をして、悪玉菌が増えると悪玉菌の味方をします。総数がほぼ決まっていることから、善玉菌が増えると悪玉菌が減り、悪玉菌が増えると善玉菌が減っていきます。
腸内細菌の中で健康によい代謝物を作るのが善玉菌で、腸内で発酵を進めて乳酸菌を作り、腸内を酸性傾向にしていきます。善玉菌はビフィズス菌や乳酸菌、フェカリス菌などの種類があり、酸性の環境で増殖していきます。これに対して、腸内細菌の中で有害な代謝物を作るのが悪玉菌で、腸内で腐敗を進めて有害物質（毒素）を作り、腸内をアルカリ傾向にしていきます。悪玉菌は大腸菌、ウェルシュ菌、ブドウ球菌などの種類があり、酸性度が低い環境で増殖していきます。
ヨーグルトは乳製品で、この中に含まれる乳糖は善玉菌のエサとなるため、ヨーグルトを食べると善玉菌が増えやすいことは間違いありません。