腸内に棲みついている１００種類以上、約１００兆個の細菌のことです。身体によい働きをする善玉菌、悪い働きをする悪玉菌、腸内環境によって善玉菌にも悪玉菌にもなる日和見菌に分けられます。善玉菌が増えると悪玉菌が減り、悪玉菌が増えると善玉菌が減るというように全体量が変わらずにバランスが取られています。健康な腸の状態では、善玉菌３：悪玉菌１：日和見菌７の割合とされています。
〔参照〕悪玉菌、善玉菌