腸の中には、１０００種類以上、約１０００兆個もの腸内細菌が棲みついていて、その重量は１～１.５kgにもなります。腸内細菌は善玉菌、悪玉菌、日和見菌に大きく分けられています。日和見菌は腸内の環境によって善玉菌の働きも悪玉菌の働きもします。バランスがよい腸内環境では、「善玉菌２０％：悪玉菌１０％：日和見菌７０％」の割合になっているといいます。
善玉菌はビフィズス菌やフェカリス菌、乳酸桿菌などの乳酸菌類が代表的なものとなっています。悪玉菌はウェルシュ菌や大腸菌、腸球菌、赤痢菌など数多くの種類があります。
腸内細菌の種類と数については、１００種類以上、約１００兆個と言われていた時代があります。続いて３００種類以上、約３００兆個と言われ、今では１０００種類以上、約１０００兆個となっているのですが、これは日本人の腸内細菌の数が増えたからではなく、研究が進むにつれて種類と数が確認されるようになったからです。
実際に腸内で生きている状態の腸内細菌の数を数えて確認しているわけではないものの、腸内細菌の総数はほぼ決まっています。そして、善玉菌が増えると悪玉菌が減り、逆に悪玉菌が増えると善玉菌が減っていくようになっています。善玉菌は発酵を進めて腸内の酸性傾向を強めていくのに対して、悪玉菌は酸性の環境に弱く、アルカリ性の環境には強いので善玉菌が多くなるほど悪玉菌は減っていきます。逆に悪玉菌が増えてアルカリ性の環境に傾くと善玉菌が減っていくようになります。
腸内の状態はトイレで、自分で確かめることができます。善玉菌が多い人は腸内での発酵が進むために、便の色は黄色くなり、臭いも弱くなります。また、便の量も増えて、便も軟らかくなって通じがよくなります。それに対して悪玉菌は腸内での腐敗を進め、アンモニアや硫化水素、スカトール、インドールといった有害物質を多く作り出します。便の色が黒く、臭いが強く、便の量も少なく、便が硬くなります。そして、悪玉菌が多いと便秘や下痢を起こしやすくなります。
善玉菌が増えて酸性度が高い環境になると、日和見菌も善玉菌の働きをするようになり、悪玉菌が減るので善玉菌が優位になっていきます。逆に、悪玉菌が増えてアルカリ性傾向の環境になると、日和見菌も悪玉菌の役割をするようになり、善玉菌が減るので悪玉菌が優位になっていきます。日和見菌が７０％を占めるということは、善玉菌が優勢になると日和見菌が善玉菌の役割をすることになって、ほとんどが善玉菌というような状態になっていくわけです。その逆に、悪玉菌が優勢になると日和見菌が悪玉菌の役割をするようになって、ほとんどが悪玉菌というような状態になるため、善玉菌を増やすことが重要になります。
赤ちゃんは善玉菌が非常に多くなっているものの、離乳期を過ぎると悪玉菌が増えていきます。特に増えるのは悪玉菌の代表であるウェルシュ菌で、これは中高年から老年にかけて大きく増えていきます。その一方で、善玉菌の代表であるビフィズス菌は減る一方となり、悪玉菌が優勢になっていきます。その理由としては、加齢による腸内の酸性度の低下が大きいからだと考えられています。
若いときには胃液と十二指腸での腸液の分泌が盛んになっていますが、年齢につれて徐々に分泌量が減っていくようになります。胃液と腸液は強酸性で、分泌量が多いと胃と腸の中は酸性に保たれています。善玉菌は酸性の環境に強く、悪玉菌は酸性では活動が弱まっていきます。腸液は小腸下部では薄まっていくので、そこから大腸にかけては悪玉菌が増殖するようになっているのです。